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阿思本舰队还没来中国，就引起了轩然大波，各大势力集团为夺取该舰队的控制权开始角逐，这是曾家第一次拥兵自重，和朝廷斗争。曾纪泽早就提醒曾国藩，要特别注意这支舰队，千万不能让此舰队落到恭亲王或满清朝廷手里。
刚开始，对控制该舰队，曾国藩也是大有兴趣，翘企之至，他从一开始就上书朝廷，坚持三条对该舰队的期望，其一：轮船驶至安庆、汉口；其二：配用楚军水师之勇丁；其三，有关事宜由“臣与胡林翼商定”。
当时胡林翼还没死，曾国藩的三点期望都是有很大目的性，第一条驶至汉口是假，但汉口在湘军的实力范围却是真，他想借助舰队驶至汉口，对恭亲王和洋人来一个既成事实，把舰队的控制权纳为己有。后两点中，也有含糊其词，准备把该舰队收归己有，“称霸”一方。
恭亲王则反对舰队上驶至安庆，他则要求该舰队驻守在上海，用于袭击南京之用。而曾国藩硬说“用之于江面”，“所部兵丁并非生长海上，势不能于重洋用武，不敢不据陈奏。”
曾国藩从1861年1月起就强调“是皖、吴官军之单薄，在陆而不在水，金陵发逆之横行，亦在陆而不在水”，以后又不断重复此论，想用这支舰队武装湘军水师。但是恭亲王对曾国藩本来就有所忌惮，坚决不同意湘军水师接管这支舰队。
曾纪泽率淮军抵沪后，羽翼渐丰，只好亲自争取，上海相对优势的条件是他颇为踌躇。从筹够该舰队起，上海到处处于近水楼台的地位。最重要的是曾纪泽掌握了上海这个财赋重镇：上海当时号称“月收百万”，仅海关税收就占全国海关税收的一半以上，舰队的军饷大半要从上海出，他极力争取阿思本舰队留在上海。
而恭亲王集团也想得到该舰队。恭亲王身为先帝咸丰的弟弟、当朝皇帝同治的叔叔，又是议政王之尊，主持军机处、总理衙门、内务府、宗人府，为臣者无出其右者，清政府这时的外交、政治、军事以至皇室事务都归其秉持，可谓军国枢纽在握，他想代表清政府名正言顺地控制该舰队。
而且慈禧太后颁发的上谕也与奕欣为此事的凑请完全一致。其实慈禧太后也是在利用恭亲王这个人，才在很多事情上顺着他。其中有很多原因，首先是在不久前的“麒祥政变”中，恭亲王帮了嫂子慈禧太后的大忙，慈禧不得不在某些事情上感恩戴德。当时满洲大员当众有能力的人已经不多，能够有恭亲王这样一个办事得体的人也确实难得，所以在很多事上两宫太后也不得不多想着小叔子。
但是曾国藩和曾纪泽坚决不同意朝廷指派的崇厚接管这支舰队，崇厚本人也不懂海军，朝廷这时还要给湘军和淮军面子，不好翻脸，为此，恭亲王颇费心机，提出折衷方案，一是拟拆开舰队，把舰队一分为二：北洋、南洋各半。他奏请两宫太后：舰队运到后，酌分数只，驶赶天津，以备北洋防守之用。二是名与器不假人，裁夺之权不放，尽量不让曾国藩和曾纪泽得益过多。三是借重洋员，颇有宁付客卿、不托家臣的味道。
曾纪泽从这次争夺舰队的控制权中，提醒曾国藩，朝廷对湘军和淮军还是有所忌惮。
恭亲王给李国泰的信件中有行乎不清的“一手经理”字样，同李国泰签订了《轮船章程五条》，沾沾自喜于该战争中规定的空洞的统帅权，对出让最重要的实际指挥权不以为然。
恭亲王告诉曾纪泽，经费上“自不能专令江海关一关支应”，行政上要李国泰、赫德“均着听候曾大人预为酌定”，“此船板就，驶赴上海听候拨用”。
曾纪泽觉得恭亲王这种行为十分无知，阿思本舰队尚未离开英伦三岛。清政府欲构建现代化海军，好不容易与洋鬼子“串通一气”，可连他的汽笛声还没听到，长毛未灭，抑制湘军和淮军的司马昭之心就昭然若揭，他让曾国藩静观其变。
1863年夏天，这支“英中联合海军舰队”由6艘驱逐舰、1艘炮艇、1艘供应船组成，分别“中国”号，“江苏”号，“北京”号，“广东”号，“厦门”号，“天津”号，“遐荒”号，“巴拉莱特”号，它们从英国利物浦港启碇，绕道好望角的漫长的欧亚航线，到达了上海。而当时清政府则命名其中的7艘为“一统”号，“金台”号，“广方”号，“得胜”号，“三卫”号，“百粤”号，“镇吴”号。
在这支舰队到上海前几个月，李泰国由伦敦回到北京，向总理衙门递交了他以“中国政府全权代表”身份私自与阿思本签订的“合同”等文件，说他在英国订造的8艘舰只共支出银107万两；招募英国海军军官兵600余人，议定以4年为期，并订有合同共13条。李阿合同的主要内容有：
（一）中国建立外海水师，阿思本允做总统四年。除阿思本外，中国不得另延外国人做总统。中国所有外国样式船只，或内地雇外国人管理者，或中国调用官民所置各轮船，议定嗣后均归阿思本一律管辖调度。
（二）阿思本只执行李泰国转交的中国皇帝命令。若由别人转谕，则未能遵行。如有阿思本不便照办之事，则李泰国未便转谕。
（三）所有此项水师各船员弁、兵丁、水手均由阿思本选用，仍须李泰国应允，方可准行。
（四）此项水师，俱是外国水师，应挂外国样式旗号。
当总理衙门见到李阿合同时，恭亲王和总理衙门诸公目瞪口呆：“其意竟思借此一举，将中国兵权、利权全行移于国外。”
按照这个合同，大清帝国花了100多万两银子买来的舰队，完全成了挂外国旗，听命于外国人外国舰队。而且阿思本不仅是这支舰队的司令，还成了中国海军的总司令。总理衙门原来希望的是让英国人帮助购买船炮，聘请外国官兵来组建一支新式海军舰队，但事权——指挥权归自己。
在接到这份合同后，恭亲王大吃一惊：“原来英国人想借此一举将中国兵权、利权全夺走。”
消息传出后，朝廷内外立刻一片哗然。但因急于用舰队镇压太平军，恭亲王命总理衙门仍做了极大的克制和让步，与李泰国再三谈判，经过反复讨价还价，双方另行议定了《火轮师船章程》五条，规定由中国人充任舰队的“汉总统”，阿思本降为“帮同总统”，作战时必须听从地方督抚大员的指挥调遣。同时，双方还订了攻打太平军的分赃协定：攻占南京后，所得财物“以三分归朝廷充分，以三分半归阿思本赏外国兵弁，以三分半归中国兵弁作赏；如果阿思本率舰队独占南京，则“七分阿思本充赏。”
这个《章程》一签订，立即被认为直接威胁到湘军的切身利益。曾国藩和曾纪泽等湘、淮系实力派人物一致反对。经过多路清军经过十年浴血奋战，已经屯兵南京城下，大功告成之际。曾国藩、曾国荃、曾纪泽等，都对总理衙门与李泰国的协议大为不满。
曾国藩致函总理衙门说：“购船的人把所购的船看成是自己的东西，中国得到的不是船而是指挥船的洋人。”他还抱怨说，“轮船和湘军水师的长龙、舢板相比，大小已很悬殊，速度也有天壤之别，如果都停泊一处，轮船好比华岳高耸，湘军的船则象众山之上，低列像似儿孙一般。”